【요 지】 구 장애인고용법 등의 문언 및 내용과 더불어, 장애인 고용부담금의 목적 및 성격 등을 종합하면, 장애인 고용부담금은 사업주가 구 장애인고용법 제28조제1항에 따른 장애인 고용의무를 불이행한 것을 이유로 부과되는 공과금에는 해당하지만, 더 나아가 ‘제재로서 부과되는 공과금’에 해당한다고는 볼 수 없어 결과적으로 구 법인세법 제21조제5호가 손금불산입 대상으로 정한 ‘법령에 따른 의무의 불이행에 대한 제재로서 부과되는 공과금’이라고는 볼 수 없다. 구체적인 이유는 다음과 같다.
1.  공과금은 기본적으로 사업경비로서의 성격을 지니는 것이므로 손금에 산입되어야 함이 원칙일뿐더러, 과거 법인세법 시행령에서 손금에 산입되는 공과금을 제한적으로 열거하였던 것이 실질적 조세법률주의에 위배된다는 헌법재판소의 위헌결정을 계기로 법인세법령에서 손금불산입하는 공과금을 별도로 규정하는 방식으로 바뀌면서 결과적으로 손금에 산입되는 공과금의 범위가 확대되어 오늘날에 이르게 된 점 등을 종합적으로 고려하면, 어느 공과금이 구 법인세법 제21조제5호에서 정한 손금불산입 요건을 충족하였는지 여부는 조세법률주의에 따라 엄격하게 해석하여야 할 것이다.
2.  장애인 고용부담금제도는 장애인 의무고용률을 하회하는 사업주로부터 기금을 납부받아 의무고용률을 초과하여 장애인을 고용한 사업주에게 고용장려금을 지급함으로써 사업주 간의 장애인고용에 수반되는 경제적 부담을 나누기 위해 도입된 것으로서, 이상적으로는 장애인 고용의무가 완벽하게 지켜져서 부담금을 징수하지 않아도 되는 상태가 여전히 바람직하다는 점에서, 장애인 고용부담금은 재정적인 목적보다는 고용에 어려움을 겪는 장애인의 고용촉진을 주된 목적으로 하는 ‘유도적·조정적 (특별)부담금’의 성격이 강하다고 볼 수 있다(헌법재판소 2003.7.24. 선고 2001헌바96 전원재판부 결정 참조). 그러므로 장애인 고용부담금은 본질적으로 사업주의 사업이나 자산의 존재, 거래 등의 행위에 수반되어 발생하는 사업경비로서의 속성을 지닌다고 볼 수밖에 없다.
3.  기본적으로 의무 불이행에 대한 ‘제재’로서 부과되는 대표적인 경우인 벌금 및 과태료는 고의 또는 과실이라는 책임 요건의 존재를 그 부과요건으로 하고 있다(형법 제13조, 제14조, 질서위반행위규제법 제7조). 그런데 장애인 고용부담금은 구 장애인고용법 제33조에서 정한 요건에 해당하기만 하면 고의 또는 과실 등 책임 요건의 고려 없이 일률적으로 그 납부의무가 발생하는 것일뿐더러, 사업주가 장애인 고용의무를 이행하지 않아 구 장애인고용법 제28조제1항을 위반하더라도 이를 처벌하는 규정이 별도로 존재하지 않는다.
4.  1997.12.31. 개정 전까지 법인세법 시행령에서는 장애인 고용부담금을 손금에 산입하도록 명시적으로 규정하고 있었는데, 앞서 본 헌법재판소 결정 이후 손금불산입 대상인 공과금들을 모법에 포괄적 정의 규정의 형태로 규정하게 되면서, 장애인 고용부담금을 손금에 산입하도록 한 법인세법 시행령 규정이 삭제된 것에 불과하고, 당시 개정 전후를 비롯하여 이 사건에 적용되는 구 법인세법령이 입법되기까지 사회적인 변화나 정책적 전환 등으로 장애인 고용부담금을 손금에 불산입할 필요성이 새로 생겼다거나, 구 법인세법령에 이르는 입법 과정에서 그에 관한 논의가 있었다고 보기도 어렵다.
▣  원고들이 구 장애인고용법에 따른 장애인 고용의무를 불이행하여 장애인 고용부담금을 납부한 후 이를 손금에 산입하지 않고 법인세 신고·납부를 하였다가, 다시 위 부담금이 손금에 산입되어야 한다는 취지로 법인세 경정청구를 하였으나 피고들이 이를 거부하자, 각 거부처분의 취소를 청구한 사안임·
원심은, 위 장애인 고용부담금은 구 법인세법 제21조제5호가 정한 ‘법령에 따른 의무 불이행에 대한 제재로서 부과된 공과금’으로 볼 수 없으므로 이와 다른 전제에 선 피고들의 각 거부처분은 위법하다고 판단하였음·
대법원은 위와 같은 법리를 설시하면서, 원심을 수긍하여 상고를 기각함·