【요 지】 1.  기간제법 제2조제3호는 “‘차별적 처우’라 함은 다음 각 목의 사항에서 합리적인 이유 없이 불리하게 처우하는 것을 말한다”고 규정하고, 같은 호 다목은 차별금지영역으로 “경영성과에 따른 성과금”을 명시하고 있으므로, 참가인이 기간제 연구원인 원고들에게 정규직 연구원인 비교대상 근로자들과 달리 더 작은 금액의 성과급을 지급함으로써 원고들에게 불이익이 발생한 이상 기간제법 제2조제3호 다목이 정한 차별금지영역에서의 불리한 처우가 있었다고 볼 수 있다. 다만 위와 같은 성과급 지급 차이가 사용자의 인사권에 해당하는 인사평가 실시 여부 및 그에 따른 성과급 지급률의 차이에 의한 것이라는 사정은 위 불리한 처우가 합리적인 이유 없이 이루어진 것인지 여부를 판단하는 과정에서 고려될 수 있는 것에 불과하다.
2.  정규직 연구원과 기간제 연구원의 실제 연봉은 기본연봉표에 정한 금액범위 내에서 사업단장과 연구원들 사이에 근무성적 평가 등을 반영한 개별 연봉협상의 결과에 따라 결정되고, 학위와 연구경력이 동일하여 양 기본연봉표의 동일한 구간에 해당하는 기간제 연구원이 정규직 연구원보다 더 큰 금액의 기본연봉을 지급받은 경우도 존재하는 점 등을 종합하여 보면, 기간제 연구원에게 정규직 연구원과 다른 별도의 기본연봉표를 적용하였다는 것만으로 원고들이 비교대상 근로자에 비하여 기본연봉을 불리하게 지급받은 데 합리적인 이유가 없다고 단정하기는 어렵고, 구체적인 연봉 책정 과정에서 불합리가 있었는지 여부를 살펴볼 필요가 있다.
3.  기간제법 제9조제1항은 ‘기간제근로자는 차별적 처우를 받은 경우 노동위원회에 그 시정을 신청할 수 있다. 다만 차별적 처우가 있은 날(계속되는 차별적 처우는 그 종료일)부터 6개월이 지난 때에는 그러하지 아니한다’라고 규정하고 있다. 그런데 사용자가 계속되는 근로 제공에 대하여 기간제근로자 또는 단시간근로자에게 차별적인 규정 등을 적용하여 차별적으로 임금을 지급하여 왔다면 특별한 사정이 없는 이상 그와 같은 임금의 차별적 지급은 기간제법 제9조제1항 단서가 정한 ‘계속되는 차별적 처우’에 해당한다고 봄이 상당하다.
참가인이 2012년경부터 2019년경까지 계속되는 근로제공에 대하여 기간제 연구원인 원고들에게 위와 같이 차별적인 급여규정을 적용하여 차별적으로 성과급을 지급하여 온 이상 기간제법 제9조제1항 단서에 정한 ‘계속되는 차별적 처우’에 해당하므로, 위 차별적 처우가 종료되기 전인 2018.7.18.에 한 원고들의 이 사건 시정신청이 제척기간 도과로 부적법하다고 볼 수 없다.